Mobius

Как и графика, в основном геймплей Sonic & Knuckles идентичен геймплею Sonic the Hedgehog 3. В Sonic & Knuckles игроку предлагается пройти игру за одного из двух персонажей — ежа Соника или ехидну Наклза (лисёнок Тейлз не был введён в игру, вероятно, из-за ограничения памяти картриджа). У каждого персонажа могут быть свои пути прохождения уровней. Игра за Соника предоставляет более удлинённое прохождение и больше зон, чем у Наклза; игра за Наклза, в свою очередь, ведётся с повышенной сложностью в сражениях с боссами и полу-боссами.

Особенности игры за Соника остались теми же, что и в Sonic the Hedgehog 3. Наклз же обладает своими собственными возможностями. При использовании усиленной атаки в прыжке он может плавно парить по воздуху, медленно теряя высоту. При этом он способен атаковать врагов, встретившихся на пути, а зацепившись в полёте за стену сможет карабкаться по ней вверх/вниз. Так же Наклз может разбивать собой некоторые препятствия в виде камней, которые Соник разбить не может (или может, но только заряженным Spin Dash). Наклз несколько отстаёт от Соника в скорости и высоте прыжка.

В конце Sonic the Hedgehog 3 ёжик Соник сумел предотвратить запуск «Смертельного Яйца» (англ. Death Egg) — огромной космической станции Доктора Роботника, и оно рухнуло обратно на остров Ангелов, наполовину застряв в кратере огромного вулкана. Однако Роботник запланировал восстановить своё изобретение и занялся поиском Главного Изумруда — могущественной реликвии, испокон веков охраняемой родом ехидны Наклза.

Проходя игру за каждого персонажа, игрок получает разную сюжетную линию.

Сюжетная линия Соника

Соник оказывается на неизведанной части Острова Ангелов и начинает идти по следам Доктора Роботника, продолжающего заполнять всё вокруг своими машинами. На пути Соника продолжает появляться Наклз, доверяющий Роботнику, и ставить ежу всяческие препятствия. Соник достигает пещер под вулканом, в то время как «Смертельное Яйцо» Роботника уже начинает новый старт, и злодею остаётся только захватить Главный Изумруд.

В месте, где хранится Изумруд — Тайном Дворце (англ. Hidden Palace) — Соник вновь сталкивается с Наклзом и вступает с ним в бой. Как раз в этот момент появляется Доктор Роботник и похищает Изумруд. Поняв, что его обманывали, Наклз объединяется с Соником и проводит его до портала, ведущего к древнему парящему в облаках святилищу. Дальше Соник действует в одиночку и на пути к уже поднимающемуся в космос Смертельному Яйцу он трижды сражается с Меха Соником.

Соник проникает в Смертельное Яйцо и доводит космическую станцию до саморазрушения, и затем вступает в бой с огромным роботом Роботника, использующим силу Главного Изумруда. После его уничтожения Соник вместе с Изумрудом начинают падать в океан, но их подхватывает лисёнок Тейлз на своём самолёте и вместе они возвращают Главный Изумруд обратно на Остров Ангелов Наклзу.

Если же игрок на протяжении игры собрал все семь Изумрудов Хаоса, то он получает дополнительный уровень — «Doomsday», в котором преследует сначала корабль, а потом и самого гигантского робота Эггмана.

(В игре возможны две концовки: если игрок собрал изумруды и прошёл «Doomsday Zone», то Остров Ангелов поднимается к облакам; в противном случае он опускается на поверхность океана).

Сюжетная линия Наклза

После событий Sonic the Hedgehog 3 Доктор Роботник, задумав похитить Главный Изумруд, решает избавиться от Наклза. Он посылает одного из своих ЭггРобо (роботов, сконструированных по его образу) и тот бросает бомбу рядом со спящим Наклзом. Однако Наклз замечает её и избегает взрыва и начинает погоню за ЭггРобо, чтобы не дать ему завладеть Главным Изумрудом.

Попав в Тайный Дворец, откуда ЭггРобо уже успел похитить Изумруд, Наклз с помощью портала гонится за ним к небесному замку. Однако там ЭггРобо уничтожает другое творение Роботника — Меха Соник, который тут же вступает в битву с ехидной. Не сумев одолеть Наклза один раз, Меха Соник использует силу Главного Изумруда, принимая супер-форму, и Наклз снова сражается с ним.

Когда Наклз окончательно побеждает Меха Соника, замок в облаках обваливается. Но на помощь Наклзу приходит Соник, управляющий самолётом Тейлза. Вместе они вновь отвозят Главный Изумруд на остров Ангела.

(Так же как и в случае с игрой за Соника, в конце игры парящий на заднем плане Остров Ангелов поднимается в верхние слои атмосферы, если игрок собрал все семь Изумрудов Хаоса).

Можно заметить, что сюжетная линия Наклза происходит после истории Соника и Тейлза. Например, на уровнях «Lava Reef» и «Hidden Palace» нету «Death Egg», так как он был разрушен, а в «Sandopolis» уже сразу летают призраки, потому что они были отпущены ранее Соником и Тейлзом.

Зоны

•Mushroom Hill (рус. Грибной холм). Большая холмистая лесная местность с растущими в ней гигантскими грибами, которые игрок может использовать как пружины для высоких прыжков. По мере прохождения местность трижды меняет цвет из-за влияния машины Доктора Роботника. В конце уровня, после поражения, Роботник удирает на своём большом летающем агрегате; игрок цепляется за летающий корабль, и попадает на вторую зону. Этот уровень позже появится в игре Sonic Generations (версия для Nintendo 3DS).

•Flying Battery (рус. Летающая батарея). Большая летающая база Доктора Роботника. Уровень очень похож на зоны «Wing Fortress» и «Metropolis» из Sonic the Hedgehog 2. Возможно, что именно эта летающая база проводила обстрел Соника в конце зоны «Angel Island» в Sonic the Hedgehog 3. Пройдя этот уровень, игрок падает в пустыню.

•Sandopolis (рус. Песчаный город). Похожая на Египет пустынная местность со множеством песочных ловушек, зыбучих песков и песочных горок. В конце первого акта игрок сражается с каменным големом и попадает в древнюю пирамиду, которая становится вторым актом. В пирамиде игроку предстоит постоянно зажигать свет: по мере его угасания на заднем плане начинают летать привидения и при наступлении полной темноты атакуют игрока. Боссом второго акта выступает Роботник, скрывающийся в большом каменном изваянии, медленно ползущим навстречу персонажу.

•Lava Reef (рус. Лавовый риф). Уровень в жерле вулкана, наполненный горячей лавой. Здесь же располагается база Роботника для повторного запуска Смертельного Яйца. На втором акте уровень застывает и Яйцо, видимое на заднем плане, начинает подниматься. При игре за Соника игрок в очередной раз сталкивается с Наклзом, который сбрасывает на него булыжник, отправляя на поле боя с Роботником. Играя за Наклза, игрок проходит то место и попадает на следующую зону, без битвы с Роботником.

•Hidden Palace (рус. Скрытый дворец). Священный дворец, где хранится Главный Изумруд Хаоса. Играя за Соника, игрок встречает на этом уровне Наклза и сражается с ним. После этого появляется Доктор Роботник и похищает Главный Изумруд. Получив от него разряд тока, Наклз на время сваливается без чувств и после проводит Соника к порталу, переносящему их на следующую зону. За самого Наклза уровень очень короток и состоит только в том, чтобы пройти к порталу.

•Sky Sanctuary (рус. Небесное святилище). Воздушный замок, парящий в облаках подобно Острову Ангела. За Наклза игрок сразу попадает на финальный поединок с Меха Соником. После одной победы Наклзу предстоит сражаться с ним ещё раз, когда Меха Соник, используя энергию Главного Изумруда, принимает супер-форму. Для Наклза этот уровень становится последним в игре. При игре за Соника игрок, по мере прохождения, трижды сражается с Меха Соником. Первый раз он появляется в летающем агрегате Роботника с шаром на цепи — такой босс появлялся в конце «Green Hill Zone» в Sonic the Hedgehog. Во второй битве агрегат с Меха Соником окружён шарами, так же, как босс в «Metropolis Zone» в Sonic the Hedgehog 2. В последней третьей битве он выступает против Соника в открытую. После победы над ним воздушный замок начинает рушиться, но Соник успевает проникнуть в Смертельное Яйцо, уходящее в космос. При игре за Соника есть небольшое пасхальное яйцо. В самом начале уровня Наклз прыгает на кнопку, активируя для Соника мост, и остаётся обессиленный лежать на ней. Если, играя за Соника, повернуться к Наклзу справа и пригнуться, он сделает Сонику характерный жест, призывая продолжить преследование Доктора Роботника. Данный уровень позже появился в играх Mario & Sonic at the Olympic Winter Games (версия для Wii) и Sonic Generations (версии для PlayStation 3, Xbox 360 и ПК).

•Death Egg (рус. Смертельное Яйцо). Огромная база Доктора Роботника, полная высокотехнологичных устройств, силовых и электрических полей. На втором акте гравитация уровня будет несколько раз меняться, в связи с чем игроку предстоит путешествовать уже по потолку. В конце второго акта, после первого поражения Роботник садится в большого себеподобного робота, использующего энергию Главного Изумруда. Если игрок за время прохождения игры не собрал все Изумруды Хаоса, этот уровень станет для него последним. Хотя зона не присутствует в сюжетной линии Наклза, можно сыграть в ней за этого персонажа, запустив зону из специального меню выбора уровней, доступного с помощью кода. Однако, выбор Doomsday Zone 2, переносящий игрока в сражение с боссом второго акта «Death Egg Zone», в этом случае недоступен, поэтому чтобы сыграть против этого босса Наклзом, приходится проходить зону с самого начала.

•Doomsday (рус. Судный день). Уровень доступен лишь для Соника, собравшего все семь Изумрудов Хаоса. После уничтожения Яйца Смерти, ёж, принявший супер-форму (гипер-форму в Sonic 3 & Knuckles), летит по орбите планеты в погоне за кораблём, а затем роботом Эггмана (похожий робот встречался как финальный босс в Sonic the Hedgehog 2), в руках которого Главный Изумруд. На пути Соника ждут кучи астероидов и ракет, замедляющих его, а также кольца, без которых он может потерять свою сверхспособность и погибнуть.

Bonus Stages

Как и в Sonic the Hedgehog 3, имея 20 или более колец при отметке на Контрольной Точке игроку даётся возможность войти на уровень «Bonus Stage», где он может собрать дополнительные кольца, жизни и другие бонусы. Однако вместо уровня «Gumball Machine» в Sonic & Knuckles игрок попадает в одну из двух других, новых «Bonus Stage»:
Rotating Maze (рус. Вращающийся лабиринт) Этот уровень представляет собой совмещённые Special Stage из Sonic the Hedgehog и слот-машину, неоднократно встречающуюся в зоне «Casino Night» в Sonic the Hedgehog 2. Границы вращающегося вокруг своей оси уровня состоят из блоков, среди которых имеются шары с надписью «Goal», при попадании на которые игрок покидает Bonus Stage. В центре уровня — слот-машина, которую игрок может использовать для получения различного количества колец, от двух до крупного джек-пота; не исключён так же выпад слотов с Доктором Роботником, что отнимает у игрока ровно 100 колец. В добавок, ещё несколько групп колец расположены вокруг слот-машины: собирая их, игрок может заработать себе «продолжение».
Glowing Spheres (рус. Пылающие сферы) Игрок попадает в длинную вертикальную пинбол-машину. Используя расположенные в ней флиперы, отбивающие блоки и раскручивающие энергетические шары, Соник и Наклз передвигаются по направлению вверх, собирая кольца и светящиеся сферы, из которых вылетают шары с разнообразными бонусами (те же самые, что использовались в «Gumball Machine» в Sonic the Hedgehog 3). Снизу игрока преследует горизонтальная вращающаяся спираль, при попадании в которую он покинет Bonus Stage. Если игрок добирается до самого верха пинбол-машины, уровень так же заканчивается.

Special Stages

Уровни «Special Stage», которые персонажи игры проходят в целях собрать все семь Изумрудов Хаоса, в Sonic & Knuckles остались того же вида, что и в Sonic the Hedgehog 3. Игрок путешествует по большой сферической поверхности, чтобы собрать все синие сферы на уровне и не наступить на одну из красных, в случае чего Special Stage заканчивается без вручения Изумруда. Примечательно, что все Изумруды можно собрать в «Mushroom Hill» (в этой зоне расположено 10 телепортационных колец). Это, однако, более перспективно при игре Наклзом, так как тот может проникать в места, куда Сонику попасть нельзя.

Все семь «Special Stages» в Sonic & Knuckles являются новыми, расположение сфер на них более запутанное, чем в Sonic the Hedgehog 3, что усложняет прохождение уровня. Кроме того, на уровнях «Special Stage» в этой игре присутствует ещё один вид сфер — жёлтые, которые катапультируют персонажей на дальние расстояния через целые поля других сфер.

Собрав все Изумруды Хаоса, Соник и Наклз получают возможность переходить в супер-форму, что увеличивает их скорость и делает неуязвимыми для врагов. В своей супер-форме Соник традиционно окрашивается в золотой цвет, а Наклз начинает мерцать белым.

Режим Debug Mode

Как и в предыдущих играх серии, в Sonic & Knuckles доступен особый режим игры — Debug Mode. Чтобы в него попасть, нужно сначала активировать меню выбора уровня. Для этого следует зайти в «Mushroom Hill», повиснуть на одном из подъёмников (дёргая за который, игрок постепенно поднимается вверх) и быстро набрать комбинацию ВЛЕВО, ВЛЕВО, ВЛЕВО, ВПРАВО, ВПРАВО, ВПРАВО и ВВЕРХ, ВВЕРХ, ВВЕРХ. Должен прозвучать звон кольца, после чего нужно нажать Start+A. При повторной загрузке титульного экрана нажать их ещё раз.

Войдя в меню выбора уровня, игрок увидит ссылки и на зоны Sonic the Hedgehog 3, но они будут недоступными. Игроку следует снова нажать A+Start, выбрав один из уровней S&K.

В режиме Debug Mode управление несколько изменилось: кнопка «А» позволяет менять гравитацию, кнопка «В» — переключаться между обычной игрой и режимом «Debug Mode», кнопка С — устанавливать объекты, а комбинация B+С — быстрая прокрутка спрайтов персонажа.

Также с помощью Debug Mode имеется возможность играть на уровнях за тех персонажей, которым эти уровни не доступны. Однако почти везде встречаются графические глюки, например зависание на уровне «Doomsday», но нету в игре за Наклза на первом акте «Sky Sanctuary». Кроме того, на уровне можно найти несколько секретов и тайников при игре за Наклза, были даже сделаны спрайты бега вокруг башни в конце уровня.

Игра получила положительные отзывы от критиков. Сайт GamePro поставил игре высокую оценку в 100 %. Из достоинств игры он отметил скрещивание с играми Sonic the Hedgehog 3 и Sonic the Hedgehog 2 и множество секретов, таких как «Debug Mode» и Blue Sphere.

IGN из недостатков в порте на Xbox 360 назвали сглаживание графики, которое, по их словам, портит картинку.

Сайт ScrewAttack, в январе 2008 года, поместил Sonic & Knuckles вместе с Sonic the Hedgehog 3 на второе место среди лучших игр серии Sonic the Hedgehog, а GamesRadar, в аналогичном списке 2012 года — на третье (тоже как Sonic 3 & Knuckles). В 2010 году Official Nintendo Magazine провёл опрос среди поклонников Соника на тему их любимых игр серии. По итогам этого опроса Sonic & Knuckles вместе с Sonic the Hedgehog 3 заняла 3 место. Однако отмечалось что люди голосовали больше за Sonic the Hedgehog 3 и Sonic 3 & Knuckles, нежели за отдельную Sonic & Knuckles.

•Можно заметить некоторое различие между игровым и неигровым спрайтами Наклза. Наклз, которого встречает игрок, управляя Соником (включая Sonic the Hedgehog 3), предстаёт в не совсем красном, а несколько красно-лиловом окрасе; кроме того, носки игрового Наклза — зелёного цвета, а неигрового — жёлтые.
•Несмотря на то, что в сюжетной линии Наклза в открытую он сражается только с ЭггРобо, в конце зоны «Flying Battery» боссом всё равно выступает сам Доктор Роботник.
•При игре в Sonic 3 & Knuckles на уровне «Hidden Palace» можно обнаружить скрытый тайник, содержащий все мониторы со всеми бонусами (кроме «S» и «Eggman»). Чтобы добраться до них, необходимо, играя за Тейлза (или в режиме Debug Mode), остановиться у группы шипов перед входом в первую комнату с телепортом, и полететь по диагонали вверх и влево — на вершине возведения и будут расположены мониторы, и ещё три — на другом возведении справа. Такой же тайник есть на уровне «Mushroom Hill». Чтобы попасть на него, надо найти место белой травой и зелеными грибами, потом запрыгнуть на них, а потом на красную пружину.
•Изначально в игре задумывался особый монитор со знаком вопроса. При его разбивании появлялся двойник персонажа и со свистом показывал дорогу. Ящика в финальной версии нет в «Debug Mode», однако сохранился звук свиста, который есть в «Sound Test» под номером 46. Его также можно услышать в самом начале уровня «Doomsday», когда Соник превращается в Супер или Гипер Соника.